Si les factures sont inscrites dans les livres de la succursale allemande, ce sont les règles allemandes qui priment et dnas le cas contraire les règles belges.

On parle bien de succursalle et pas de filiale.
Une surccursalle n'a pas de personnalité juridique. C'est une localisation belge en allemagne.
En général, lorsqu'on a une succursalle, on demande un numéro de TVA pour les opérations effectuées dans le pays ou elle se trouve.
C'est donc bien le régime TVA allemand qui s'applique.
L'Allemagne est un pays qui a signé une convention avec la belgique pour éviter la double imposition. Les revenus dégagés de la succursalle allemande subissent donc une taxation en Allemagne, et en Belgique, ces revenus sont globalisés puisque réintégrés dans la comptabilité belge, mais le résultat est scindé entre revenus taxables en Belgique et revenus taxés en Allemagne. De ce fait, il n'y a pas de double imposition.
En résumé, si la facture vient sur la succursalle allemande (ce qui est la logique), ce sont les règles et TVA et fiscales allemandes qui sont applicables.