Oui, on est bien d'accord qu'il semble plus utile de choisir le régime d'option .
J'ai répondu à la question posée en démontrant qu'il n'existe pas de vide législatif et que cette solution n'est pas très compliquée.
L’organisation analytique existe dans beaucoup d’associations afin de respecter les contraintes de justification envers les autorités subsidiantes.
La tenue d’une compte de créance – dettes (partie double) permet de répondre aux obligations en matière de TVA ( et le cas d’échéant, en marchant sur des œufs, du mouvement des réserves de l’impôt des sociétés).
Evaluation de l’état du patrimoine
L'état du patrimoine découle de l’inventaire annuel et sa tenue ainsi que ses critères doivent découler de la méthode d’évaluation retenue par le conseil d’administration, à l'instar de ce que le droit commun comptable prévoit pour certains commerçants personnes physiques, sociétés en nom collectif et sociétés en commandite simple.

A mon sens, la petite association ou fondation qui ne choisit pas l’option de la tenue des comptes sur base des règles d’une grande association ou fondation doit valoriser l'état de son patrimoine sans amortissement ni provision ni régularisation mais bien en fonction de la valeur réelle du bien à la date de la clôture.
Cela signifie que l'organe de gestion doit disposer nécessairement de règles d'évaluation. L'organe de gestion de l'association détermine librement les critères qui président aux évaluations dans l'inventaire, tout en tenant compte des caractéristiques propres à l'association. Il est évident que ces règles doivent aboutir à un compte-rendu fidèle des avoirs, des dettes, des droits et des engagements et ne pas avoir pour finalité de maintenir le critère "total du bilan" sous le seuil de 1.000.000,00 EUR.
Ces règles sont résumées dans l’ annexe. Celles-ci doit au minimum comporter :
-    un résumé des règles d'évaluation (ce résumé doit être suffisamment précis pour permettre d’apprécier les méthodes d’évaluation adoptées) ;
-    les modifications apportées aux règles d'évaluation existantes ;
-    les renseignements complémentaires ;
-    l'état minimum normalisé du patrimoine
Publication des comptes BNB pour les petites associations qui optent pour les règles comptables des grandes associations
Certains indiquent que la petite association qui opte pour le régime de la grande ne doit pas publier ses comptes à la BNB.
L'analyse juridique est plus nuancée:
Le texte légal (article 15 de l'AR du 26 juin 2003), par. 2, indique que l'association qui opte "applique l'intégralité des dispositions applicables aux dites associations et établit et publie ses comptes annuels selon le même schéma, abrégé ou complet, pendant au moins trois exercices comptables successifs". L'intégralité me semble aussi viser la publication à la BNB.
Par contre, il est exact que le Rapport au Roi indique que : "L'exercice de cette faculté ne se traduira pas, par contre, par l'obligation de procéder au dépôt des comptes à la Banque nationale de Belgique ainsi que le veut le régime légal applicable aux plus grandes associations et fondations."
Le Roi n’a cependant pas reçu le pouvoir de choisir qui dépose ou non les comptes annuels mais simplement de régler les modalités et les conditions de dépôt des documents ainsi que le montant des frais et le mode de règlement de ceux-ci (article 17, par. 6, al. 3 de la loi du 27-06-21).
La possibilité laissée au Roi d’adapter les obligations des associations ne concerne que l’application de la loi comptable du 17 juillet 1975 ou des critères de seuils mais pas la publication des comptes annuels à la BNB qui résulte des articles 97 et suivants du code des sociétés, non applicables aux associations (En règle, le code des sociétés ne s’applique pas aux associations et fondations mais seulement certains articles, adaptés de son arrêté royal d’exécution du 30 janvier 2001).
Pour les petites associations, le Roi peut uniquement établir le modèle de comptabilité simplifiée.

Il est dommage que cette précision reprise dans le Rapport au Roi n'ait pas été intégrée, par exemple, dans un quatrième paragraphe de l'article 15 de l'AR.

Madame la Députée Trees Pieters a posé une question parlementaire au sujet de cette divergence de vue à la Madame la Ministre de la Justice à ce sujet le 14 juillet 2005 mais aucune réponse n’a été fournie dans le délai légal (17-10-05) :
« Une certaine confusion semble se manifester dans la pratique à propos de l'application de l'article 17 de la loi du 27 juin 1921 sur les ASBL (modifiée par la loi du 2 mai 2002). De nombreuses ASBL, mais aussi des comptables, experts-comptables et réviseurs donnent de cet article une interprétation divergente. Je me réfère aux §§ 1 à 6 de l'article 17. Les questions suivantes se posent, compte tenu de l'entrée en vigueur des dispositions comptables pour l'ensemble des CPAS au 1er janvier 2006. 1. En exécution de l'article 17, § 2, les «petites associations» (à savoir celles qui ne remplissent pas les conditions visées au § 3) peuvent tenir leur comptabilité conformément aux modèles visés dans l'arrêté royal du 26 juin 2003, à savoir le modèle A (livre des recettes et des dépenses) et doivent déposer les modèles B et C (à savoir respectivement l'état des recettes et des dépenses et l'inventaire des actifs, dettes et droits) au greffe du tribunal de commerce. Il est toutefois précisé que si elles le souhaitent, les associations en question peuvent néanmoins tenir leur comptabilité selon le système de la «comptabilité complète». Or, il n'apparaît pas clairement si ces associations: a) doivent tout de même déposer les modèles B et C où si elles doivent déposer un bilan tel qu'établi par le programme comptable qu'elles utilisent ou, si elles tiennent une comptabilité conformément au système de la comptabilité «complète» ou en «partie double» elles doivent tout de même utiliser le formulaire «compte annuel», puisqu'elles appliquent sur une base volontaire les dispositions du §3, imposant aux ASBL qui en relèvent l'utilisation d'un formulaire ad hoc? b) Il est même affirmé dans certains milieux que si une association tient sa comptabilité dans le système de la comptabilité complète, l'association procédera néanmoins à un dépôt à l'aide des formulaires B et C? Qu'en est-il? 2. L'article 17, § 6, stipule que les comptes annuels des associations visées au § 3 (à savoir les «grandes» et «très grandes» associations) doivent être déposés par les administrateurs à la Banque nationale de Belgique et non au greffe du tribunal de commerce. Or, l'article 17, § 4, stipule quant à lui que les §§ 2 et 3 ne sont pas applicables aux associations soumises, en raison de la nature des activités qu'elles exercent ou d'une réglementation légale, à un plan comptable au moins équivalent à la loi comptable. Étant donné que la plupart des grandes ASBL sont reconnues et subventionnées par l'une ou l'autre autorité compétente, il est fort probable que la quasi totalité de ces ASBL ne devront pas publier leurs comptes annuels. La grande masse des petites ASBL qui ne sont pas reconnues par l'une ou l'autre autorité et qui ne disposent pas d'une comptabilité équivalente sont donc tenues de publier leurs comptes annuels alors que les grandes et très grandes ASBL peuvent garder leurs comptes secrets. Se pourrait-il qu'il entrait dans les intentions du législateur que si les associations, compte tenu de leur mission principale ou d'une réglementation légale, doivent tenir une comptabilité telle que définie par l'autorité subsidiante, elles sont néanmoins tenues de déposer leurs comptes annuels au greffe du tribunal de commerce ou à la Banque nationale de Belgique, en fonction de la taille de l'ASBL? 3. Compte tenu de ce qui précède, la nouvelle loi sur les ASBL garantit-elle effectivement une bien plus grande transparence que l'ancienne législation? 4. Quand pensez-vous que le modèle de comptes annuels (tel qu'il peut déjà être consulté sur le site internet de la Banque nationale de Belgique) sera opérationnel pour les ASBL, y compris en ce qui concerne les contrôles obligatoires? »
(lien http://www.lachambre.be/kvvcr/showpage.cfm?section=qrva&language=fr&cfm=qrvaXml.cfm?legislat=51&dossierID=51-B090-2-0743-2004200504800.xml ).

Le pragmatisme s’impose étant donné qu’il n’existe aucune disposition pénale pour défaut de publication des comptes annuels d’une Asbl ou fondations et les dirigeants pourront toujours invoquer le Rapport au Roi même si on a compris que ce dernier n’a aucun pouvoir pour régler cet aspect.

Pour les associations qui choisissent  les règles d'équivalence, l'obligation de publier existe en fonction des règles propres au régime d'équivalence adopté ou imposé.