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En principe, dans le cas d'assujettissement mixte, la déduction devrait se faire dans la mesure où les biens et les services reçus ont effectivement été utilisés pour l'affectation assujettie (c'est le système de l'affectation réelle).

Une telle ventilation est toutefois très complexe et très laborieuse à effectuer.

C'est pourquoi, l'article 46, § 1er du Code prévoit en principe l'application de la règle du prorata, qui détermine forfaitairement les déductions partielles pouvant être opérées.

Le prorata, est défini par l'article 12 de l'arrêté royal n° 3, comme étant une fraction comportant :

- au numérateur : le montant total, hors taxe, déterminé par année civile, des opérations permettant la déduction

- au dénominateur : le montant total, hors taxe, déterminé par année civile, tant des opérations figurant au numérateur que de celles qui ne sont pas visées par le Code ou qui sont exemptées de la taxe en vertu de l'article 44 du Code.

Le montant de la TVA déductible sera dès lors égal au montant total de la TVA payée par l'assujetti à ses fournisseurs, multiplié par la fraction ainsi déterminée.

L'article 13 de l'arrêté royal n° 3 exclut du numérateur et du dénominateur du prorata, certains éléments qui s'ils étaient maintenus, risqueraient de fausser la signification de ce prorata.

Exception à la règle du prorata

Il n'y a pas lieu d'appliquer le prorata lorsque celui-ci est d'au moins 98 %. Dans ce cas, on néglige la différence avec 100 % et l'assujetti est considéré pour les déductions, comme un assujetti total. Il devra toutefois écarter les taxes grevant les biens et services utilisés exclusivement pour l'annulation des opérations ne permettant pas la déduction.

Prorata provisoire et prorata définitif

En vertu de l'article 15 de l'arrêté royal n° 3, le prorata définitif de déduction se calcule au terme de chaque année civile, compte tenu du montant effectif des opérations réalisées au cours de l'année écoulée. Il doit être déterminé au plus tard le 20 avril de l'année qui suit.

Les assujettis qui doivent procéder à des déductions mensuellement ou trimestriellement, ils se voient obligés d'appliquer en cours d'exercice, un prorata provisoire. Ce prorata provisoire est en principe égal au prorata définitif de l'année antérieure. (A.R. n° 3, art. 15, al. 1er).

Toutefois, pour la première année d'activité ou en cas de modification substantielle, de la nature d'activité, il n'est pas possible, ou il est inadéquat, de se baser sur un prorata résultant de l'exercice antérieur. Dans ce cas, le prorata provisoire est déterminé par l'assujetti lui-même selon ses prévisions d'exploitation. (A.R. n° 3, art. 15, al. 1, deuxième phrase).