Je ne crois pas qu'il y ait une loi qui interdit l'application de frais sur les factures. Ce sont des choses à discuter avec le fournisseur, cela fait partie de la négociation. Commercialement, je conçois que c'est limite. Encore faut-il savoir quels services et ou marchandises vous livre ce fournisseur.

Quant à la délivrance d'une facture, elle est légalement obligatoire de commerçants à commerçants si elle est destinée au commerce.
Un commerçant ne peut pas refuser d'établir une facture qu'on lui demande, et cela même si l'acheteur n'est pas commerçant.
De toute façon la TVA n'est récupérable que via une facture en bonne et due forme et jamais sur une souche de caisse ou autres documents.
Le risque d'avoir un contrôle est toujours présent.
Si une dénonciation arrivait aux services concernés, il est probable que vous les verrez arriver très vite.
Tout dépend bien sûr du commerce que vous exploitez.