Il faut examiner le bail mais je dirais que la dépense faite par la société doit être considérée comme une charge locative et de ce fait être taxable au même titre que le loyer.

La société se charge de ces travaux car elle estime cela nécessaire en vue d'augmenter ses propres revenus.

Ensuite, pour répondre à hittiche, la fait d'accorder une diminution de loyer, l'avantage est déjà taxé pour le dirigeant. en effet, il touchera moins de loyer. D'un autre côté la société est taxée aussi car elle déduit moins.

Après 3 ans, le loyer redevient normal et l'"avantage" a été liquidé ..

Non ?

Ah bon ?
Les locataires professionnels de bureaux font souvent ce genre de pratique : quelques mois gratuit pour compenser des travaux qui ont été fait par le locataire.