Merci à tous pour vos réponses,
Je viens d'avoir des nouvelles d'un ancien collègue qui a eu quelques déboires avec la TVA : celle-ci lui réclamait de la TVA sur un certain montant car le calcul de la TVA ne correspondait pas à la somme de ses factures. 
Après qu'il ait demandé le mode de calcul, on lui a répondu qu'ils se basaient sur une circulaire interne (tiens, tiens !). 
Comme mon ami fait un peu de politique et qu'il a la réplique assez aisée, il a demandé à avoir les copies de la circulaire en question ou bien l'arrêté royal, ministériel avec la date de parution au moniteur afin qu'il puisse vérifier du bien-fondé ce cette circulaire ! 
Il a également glissé que si on lui réclamait de la TVA sur un montant allant jusqu'à 100000 BeF, il payerait pour ne pas prolonger le problème, mais si on lui réclamait de la TVA sur un montant supérieur à 100000 BeF, il prendrait un avocat !
Son métier lui a également permis de justifier une bonne différence par rapport au montant réclamé ; en effet, il est métreur-deviseur dans une entreprise de construction en clé sur porte (tout comme moir d'ailleurs !) et son métier quotidien est de passer des commandes, trouver des prix les plus bas possibles, négocier avec les sous-traitants, etc. 
Il a donc pu justifier que l'achat de ses marchandises ou que les contrats signés avec les différents sous-traitants étaient bien inférieurs au prix "moyen" du marché car il les avait bien négociés ! 
Même si légalement, cet argument ne vaut rien (bien que ...), ce fut un argument de poids ! 
Il a également montré au contrôleur qu'il avait lui même participé à la diminution du prix de ses contrats avec les entrepreneurs en leur préparant le travail : métrés, plans des pignons, plans de détails, tracé des installations électriques,... ! 
Bref, depuis lors, il n'a plus eu de nouvelles et comme la TVA a, semble-t'il un délai de 5 ans, je pense bien qu'il s'en tirera comme cela !
Comme je fais le même métier que lui et que mon chantier a duré près de 2 ans et demi (d'où la liste chronologique d'achat de mes matériaux !), j'ose espérer pouvoir contrer les arguments du contrôleur lorsqu'il se manifestera après que je lui aurai remis mon dossier !
Bien à vous,

Maxdal