1/ Il faut répondre à la lettre de notification d'imposition d'office. (c'est d'ailleurs le but de son envoi).
2/ La réponse du taxateur me paraît bizarre;;;.  En effet, attendre l'aer ca signifie attendre la fin du délai donné par l'avis d'IO.  En effet, l'enrôlement ne survient que après l'écoulement du délai.  De plus si vous marquez votre désaccord sur le montant repris par l'agent taxateur (possible que ce soit celui renseigné dans vos déclarations TVA), le dossier doit en principe être soumis à l'Inspecteur du ressort ou à tout le moins au chef du service de taxation.^

Dans tous les cas, une réponse s'impose.

In fine : si malgré celà, on maintient la taxation, vous aurez encore le temps d'introduire réclamation.

Ps : l'administration rejette votre comptabilité mais doit la remplacer par quelque chose de solide.  Sinon, demandez l'applicaation de la tolérance administrative.
Pps : respectez les délais de rentrée ou alors demandez un délai supplémentaire, ca vous évitera ce genre d'ennui (et le surplus de boulot au fonctionnaire).

Amicalement